ઉજ્જૈન (મધ્યપ્રદેશ)માં આવેલું આ જ્યોતિર્લિંગ એકમાત્ર દક્ષિણાભિમુખ જ્યોતિર્લિંગ છે. તેથી આ જ્યોતિર્લિંગનું પૌરાણિક અને તાંત્રિક મહત્ત્વ સૌથી વધુ છે. આ જ્યોતિર્લિંગ પણ સ્વયંભૂ છે. મહાકાલ જ્યોતિર્લિંગના સાચા મનથી દર્શન કરનારને કદાપિ મૃત્યુ કે બીમારીનો ભય રહેતો નથી. હકીકતમાં મહાકાલ જ્યોતિર્લિંગ દેવતાની સાથે સાથે ઉજ્જૈનના રાજાના સ્વરૂપે પણ પૂજાય છે. એક કથામાં અવંતિકાના રાજાના રૂપમાં પણ પ્રતિષ્ઠિત કરાયા છે.
અવંતિકાના રાજા વૃષભસેન ભગવાન શિવના અનન્ય ભક્ત હતા. પોતાનો સંપૂર્ણ સમય શિવભક્તિમાં પસાર કરતા હતા. એક વખત પડોશના રાજાએ અવંતિ-ઉજ્જૈન પર હુમલો કરી દીધો. વૃષભસેનની સેનાએ તે હુમલાને નિષ્ફળ કરી દીધો, ત્યારે હુમલાખોર રાજાએ એક રાક્ષસ દુ:શનની મદદ લીધી. તેને અદ્શ્ય થવાનું વરદાન મળેલું હતું. દુ:શને અવંતિકામાં ખૂબ જ આતંક મચાવ્યો. આ સમયે અવંતિકાના લોકોએ ભગવાન શિવને યાદ કર્યા ત્યારે ભગવાન શિવ સાક્ષાત્ પ્રગટ થયા અને અવંતિકાની પ્રજાની રક્ષા કરી. ત્યાર પછી રાજા વૃષભસેને ભગવાન શિવને અવંતિકામાં વસવા અને નગરીના પ્રમુખ બનવાની વિનંતી કરી. રાજાની પ્રાર્થનાથી ભગવાન શિવ ત્યાં જ્યોતિર્લિંગ સ્વરૂપે પ્રગટ થયા. ભગવાન શિવને આજે પણ ઉજ્જૈનના શાસક માનવામાં આવે છે.
